história de Alfredo Wagner começa quando um ilustre republicano, partidário dos Farrapos e com intensa atividade nos Campos de Lages e incursões na Laguna, o coronel Serafim Muniz de Moura, com seus familiares, foi o primeiro a estabelecer-se no município. O fato ocorreu em meados de 1840.
Alfredo Wagner teve como povoadores, soldados-colonos, chegando o Império brasileiro a criar, em seu território, em 1853, a Colônia Militar de Santa Teresa.
Apenas mais tarde, com a chegada de colonos de ascendência germânica, houve uma evolução satisfatória, em Barracão, tal o nome que passou a ter, a partir de 1890.
Em 1893, quando fugia, junto com um grupo de soldados, de possíveis vinganças da Revolução Federalista, o Soldadinho, doente, perdeu-se do grupo e foi encontrado dias mais tarde, congelado. O túmulo, construído no local, é muito visitado e os moradores mais antigos que acreditam que o Soldadinho faz milagres.
A instalação do novo município verificou-se em 29 de dezembro de 1961. Seu prefeito eleito foi o senhor Alfredo Wagner Júnior e coincidentemente a lei criadora da sua autonomia, designou-o Alfredo Wagner.