A história de Agronômica começou quando excedentes populacionais de Rio dos Cedros e Rodeio, em busca de melhores oportunidades, iniciaram o povoamento do município, em fins do século XIX. As famílias de Júlio Ventúri, Máximo Piseta, Francisco Reuter, Ângelo Finardi e Inácio Fronza, foram as primeiras a chegar. Mais tarde, a colonização se intensificou, representando a fertilidade das terras, excelentes, sobre tudo, para a cultura do arroz, um grande atrativo.
Os pioneiros, devotos de Nossa Senhora de Caravaggio, erigiram capela em sua honra, tornando padroeira da comunidade.
"Pastagem" foi o primitivo nome do município, dado ser dotado de boas gramíneas. Aí faziam "pouso" ou "sesta" os tropeiros que, rumo ao litoral, por largos anos, desciam da região dos Campos de Lages.
Distrito em 1961, foi elevado a município através da lei nº 959, de 8 de abril de 1964, verificando-se sua instalação em 6 de junho do mesmo ano.
O senhor Lauro Pamplona, foi o primeiro prefeito (nomeado), que passou o cargo para Ambrózio Bortuluzzi, primeiro prefeito eleito.